blind1806 wurde die Benediktinerabtei von der damaligen bayrischen
Zwischenregierung aufgehoben und das Kloster zum Teil abgebrochen. Die Steine wurden zum Bau der Lindauer Hafenmauer mitverwendet. 1854 erwarb der aus Wettingen bei Zürich vertriebene Zisterzienserorden das einstige Benediktinerstift. Anstelle der abgebrochenen
barocken Klosterkirche wurde auf dem verbliebenen Mauerwerk ein Gotteshaus im neuromanischen Stil errichtet und das Kloster durch Flügelbauten erweitert. In der Zeit von 1941 – 45 war die Abtei abermals aufgelöst.
Die letzte große Umgestaltung der Klosterkirche fand 1961 – 64 durch Hans Purin und Herbert Albrecht statt. Dabei wurden die Fundamente der ursprünglichen Basilika freigelegt und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. (Ist nur im Rahmen von Führungen möglich!)
Die Abtei Mehrerau führt heute ein Privatgymnasium für Knaben mit angeschlossenem Internat, ein Sanatorium, eine große Landwirtschaft, einen Bauhof, eine Tischlerei und einen Klosterkeller.
Auch die bekannte barocke Wallfahrtskirche Birnau am Bodensee gehört zum Kloster Mehrerau.
